宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结...
